Il 14 maggio 2003, in una cerimonia alla Scuola Navale Militare di Venezia “Francesco Morosini”, il Presidente del Consiglio dei Ministri con alcuni tra i massimi rappresentanti delle Istituzioni presenti nel “Comitatone”, cioè il Ministro delle Infrastrutture e Trasporti, il Ministro dell'Ambiente, il Presidente della Regione Veneto, il Sindaco di Venezia, sancisce ufficialmente l'importanza della decisione assunta dal “Comitatone” del 3 aprile e il via al complesso dei lavori. I primi lavori per la realizzazione del sistema Mose iniziano con la costruzione della scogliera all'esterno della bocca di Malamocco e successivamente quelli per la scogliera di Chioggia.

Nel frattempo il Comitato Tecnico di Magistratura (6 giugno 2003) approva un complesso documento di programmazione: il “Piano degli studi, delle progettazioni e degli interventi a seguito delle decisioni assunte nella seduta del 3 aprile dal Comitato ex art. 4 L. 798/84” che dà seguito alle prescrizioni espresse con chiarezza nella delibera votata dal “Comitatone”. Nel Piano vengono presentati: il programma delle attività per completare l'esecuzione delle opere per la regolazione delle maree e il programma delle attività necessarie per procedere allo sviluppo progettuale degli altri interventi chiesti dai Comuni lagunari ai fini delle decisioni conseguenti. Vengono in particolare prese in considerazione tutte le richieste dei Comuni, indicando un percorso di analisi, di sperimentazioni, anche in scala reale, e, quando necessario, di interventi pilota, con un livello scientifico e progettuale del tutto simile a quello adottato per le opere alle bocche di porto.

Il 20 gennaio 2004 anche la Commissione di Salvaguardia di Venezia esprime parere favorevole sul sistema Mose, consentendo così di proseguire nella realizzazione dell'opera in linea con il porgramma attuativo previsto. La Commissione di Salvaguardia, prevista dalla legislazione speciale per Venezia, ha competenza su tutte le opere che vengono realizzate nel contesto lagunare, area in cui si concentrano le competenze amministrative di molteplici enti statali e locali. Quest'organo collegiale, in cui sono rappresentati tutti gli enti e le istituzioni competenti, è presieduto dal Governatore del Veneto. Il parere favorevole è stato espresso all'unanimità da tutti i quindici membri della Commissione presenti, tra i quali i rappresentanti delle Soprintendenze, del CNR, dell'UNESCO, del Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti e di quello delle Politiche Agricole, della Regione del Veneto, dei Comuni della Gronda lagunare, del Comune di Venezia (rappresentante della minoranza).

Il 13 febbraio 2004, è costituito l'Ufficio di Piano con decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri, in attuazione della delibera del Comitatone del 6 dicembre 2001 e del 3 aprile 2003. L’Ufficio provvede alla massima integrazione tra i piani formulati dalle singole amministrazioni competenti in materia di salvaguardia, al fine di garantire continuità agli interventi programmati e ottimizzare l’impiego delle risorse.

Il 22 maggio 2004, il TAR (Tribunale Amministrativo Regionale) del Veneto rigetta tutti i ricorsi contro il sistema Mose presentati da alcune associazioni, tra cui WWF e Italia Nostra, dal Comune e dalla Provincia di Venezia.

Il 29 settembre 2004, il Comitato Interministeriale per la Programmazione Economica - CIPE finanzia la seconda tranche per la realizzazione del sistema Mose con 709 milioni di euro, con decorrenza dal 2005. Di questi, il 10% viene assegnato, con delibera del Comitatone del 4 novembre 2004, alle Amministrazioni Comunali di Venezia, Chioggia e Cavallino-Treporti per la progettazione e realizzazione degli interventi di cui all'art. 6 L. 798/84. Al Consorzio Venezia Nuova vengono quindi assegnati 638,1 milioni di euro.

L'11 maggio 2005 è firmato l’atto aggiuntivo rep. n. 8067 alla Convenzione Generale rep. n. 7191/1991 che introduce il “prezzo chiuso” per il completamento delle opere di regolazione delle maree alle bocche di porto, con conseguente revisione dello schema contrattuale tra Magistrato alle Acque e Consorzio Venezia Nuova, al fine di poter contare su finanziamenti ulteriori, complessivi “certi”, a fronte della determinazione “certa” del fabbisogno residuo e del relativo programma di esecuzione dell’opera. L’atto specifica il valore economico delle opere da realizzare nel Piano di esecuzione degli interventi, suddivisi in fasi, i tempi di esecuzione nel Cronoprogramma e i fabbisogni finanziari nel relativo Piano dei finanziamenti. Il cronoprogramma prevede la conclusione delle attività finalizzate alla realizzazione delle opere alle bocche di porto entro il 31.12.2012, purché la disponibilità dei finanziamenti ulteriori necessari avvenga nell’entità e con la scansione temporale indicate nel Piano dei finanziamenti.

Il 29 marzo 2006 interviene la terza deliberazione del CIPE che prende atto degli accordi intervenuti tra Amministrazione Concedente e Concessionario relativamente all’introduzione del “prezzo chiuso” per il completamento del Mose e assegna una ulteriore tranche di finanziamento di importo pari a 380 milioni di euro. Il CIPE disporrà altri ulteriori finanziamenti per la realizzazione dell'opera fino all'undicesima assegnazione nel 2014.

 

Nel processo di realizzazione del Mose è importante la relazione del Ministro delle Infrastrutture, Antonio Di Pietro, presentata il 10 novembre 2006 al Consiglio dei Ministri, che ripercorre l’iter tecnico-amministrativo del progetto e riferisce sulle risultanze dell’esame e degli approfondimenti effettuati da tutti gli Enti interpellati dalla Presidenza del Consiglio riguardo alle proposte alternative al Mose presentate dal Comune di Venezia. La Relazione rileva che “non sono emersi elementi nuovi tali da richiedere la modifica delle opere del Sistema Mose, né, d’altra parte, è accettabile un’interruzione anche se breve delle attività in corso per eventuali ulteriori approfondimenti.” Il Ministro segnala inoltre l’importanza di poter disporre di adeguati finanziamenti per la Legislazione Speciale per Venezia per la prosecuzione dei piani di intervento di competenza dei vari Soggetti coinvolti nella salvaguardia e nello sviluppo socio-economico dell’area lagunare.

 

Nel corso del 2009 la Commissione Europea ha proceduto all'archiviazione della procedura di messa in mora e messa in mora complementare (provvedimenti del 13.12.2005 e del 18.07.2007) a suo tempo avviate nei confronti dello Stato italiano in ordine alla presunta infrazione riguardante la normativa europea sulla conservazione degli uccelli selvatici relativamente ai siti di importanza comunitaria (SIC) e alle zone a protezione speciale (ZPS) della laguna di Venezia, nell’ambito dei cantieri del Mose.

All’archiviazione della procedura di infrazione, il 14 aprile 2009, la Commissione Europea è arrivata dopo l’esame favorevole del Piano delle misure di compensazione, conservazione e riqualificazione ambientale di specifici SIC e ZPS - predisposto dal Magistrato alle Acque di concerto con la Regione del Veneto e con il Ministero dell’Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare - che il Governo Italiano si è impegnato a realizzare nell’ambito del Sistema Mose. Tali interventi mirano a migliorare nel breve, medio e lungo periodo la rappresentatività dell'habitat nel sito interessato.

 

A seguito delle indagini penali, inerenti anche persone che erano preposte alla gestione del Consorzio Venezia Nuova, il Presidente dell’Autorità Nazionale Anti-Corruzione (ANAC) il 6 novembre 2014 propone il Commissariamento del Consorzio, ex. Art. 32, comma 1, del decreto legge 24 giugno 2014, n. 90, convertito con modificazioni dalla legge 11 agosto 2014, n. 114. Il Prefetto di Roma il 1° dicembre 2014 decreta di provvedere alla straordinaria e temporanea gestione del Consorzio Venezia Nuova “con riferimento alla completa esecuzione della concessione di cui alla convenzione intercorrente con il Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti (…), stipulata il 4 ottobre 1991, rep. n. 7191 e ai successivi atti aggiuntivi e attuativi, contestualmente sospendendo i poteri di tutti gli altri organi sociali. Si è quindi proceduto alla nomina del dott. Luigi Magistro e del prof. Francesco Ossola quali amministratori per la gestione temporanea e straordinaria del Consorzio. Successivamente, con decreto del 27 aprile 2014, il Prefetto di Roma ha affiancato l'avv. Giuseppe Fiengo agli amministratori già nominati.

 

Il 14 maggio 2015 viene firmato dagli Amministratori Staordinari l’atto integrativo e modificativo rep. 8690 tra Provveditorato Interregionale alle OO.PP. del Veneto (già Magistrato alle Acque di Venezia) e Consorzio Venezia Nuova, registrato dalla Corte dei Conti il successivo 11 giugno.

 

Il 4 settembre 2015, è stato sottoscritto tra Provveditorato e Consorzio Venezia Nuova il Quinto Atto aggiuntivo rep. 8694, nel quale le parti concordano di aggiornare le modalità di monitoraggio dei flussi finanziari inerenti il Sistema Mose, in ottemperanza al documento “Linee guida per il Monitoraggio finanziario delle Grandi Opere – MGO” secondo un preciso protocollo operativo: le imprese che rientrano nella filiera devono utilizzare conti correnti bancari dedicati in via esclusiva all’opera.

 

Il 10 novembre 2015 vengono sottoscritti con il Provveditorato Interregionale alle OO.PP. del Veneto il 45° Atto Attuativo rep n. 8700 (62.142.918,60 euro - delibera CIPE n. 137 del 21.12.2012) e il 46° Atto Attuativo rep. n. 8701 (67.687.148,61 euro - delibera CIPE n. 67 del 9.09.2013), entrambi registrati alla Corte dei conti a marzo 2016.